יונתן התחיל ללמוד בבי"ס ספר בן צבי ברחובות ב- 1992. למרות החששות הראשוניות, הוא התרגל די מהר והתחיל להנות מכל החוויה. בלימודים הוא היה חרוץ ורציני - כל כך רציני שהסייעת בכיתה א' (יולנדה) פעם אמרה עליו: "יונתן הוא ילד רציני מדי, הוא צריך להיות קצת יותר שובב!". יחד עם הצד הרציני והרצון להצליח, מחוץ לכיתה ידע להנות ממגוון פעילויות ומשחקים, בעיקר פעילות פיזית וספורט.

יונתן התחיל להתחבר עם ילדים בכיתה, ולאט לאט התגבשה קבוצת חברים טובים שרובם נשארו בקשר קרוב במשך שנים רבות. כמעט כל יום היה נפגש עם חבר אחרי הלימודים, בבית ובחוץ. ביחד עם אהבתו לפעילות מחוץ לבית, יונתן גם מאוד אהב לקרוא, במיוחד סיפורי הרפתקאות. העלילות שגילה שם הציתו את דמיונו, ובהשראתן באה האהבה ליצור הרפתקאות וחוויות מאתגרות. המשכנו לבקר את סבא וסבתא בקיבוץ בערך פעם בשבועיים, וכמעט כל פעם פגשנו גם את הבני דודים. יונתן מאוד אהב ביקורים אלה והרגיש בבית בקיבוץ בכלל. פטירתו של סבא ב-1997 מאוד העציב אותו.

טיילנו באירופה מספר פעמים. ב- 1996 עשינו טיול עצמאי ברכב שכור במרכז ובדרום צרפת. ראינו הרבה נופים מיוחדים, ביקרנו במספר ארמונות, טירות, מערות, עמקים, הרים ונהרות , עלינו לאלפים וסיימנו בדיסנילנד ליד פריז. ב-1997 טיילנו בטורקיה בטיול מאורגן עם אנשים שלא הכרנו קודם. ב-1998 עשינו עוד טיול עצמאי ברכב שכור באיטליה, בטיול מקיף במרכז איטליה שכלל בין השאר את רומא, ונציה ופיזה. באיטליה יונתן התאהב באוכל ובטיול זה כולנו נהנינו לא רק מהמקומות אלא גם מהאוכל!
ב-6.1998 יונתן סיים את לימודיו בבי"ס בן צבי ועלה לחט"ב.